Japońskie Ministerstwo Gospodarki, Handlu i Przemysłu oszacowało, że koszt usunięcia skażenia oraz odszkodowań, wyniosły 21,5 bln jenów (188,4 mld dol.). W 2013 roku ministerstwo szacowało, że katastrofa będzie kosztować japoński budżet 11 bln jenów.
Okazało się, że wypłacono 7,9 bln jenów odszkodowań, a nie 5,4 bln jak szacowano wstępnie. Dużo bardziej kosztowna okazała się też rozbiórka instalacji elektrowni oraz usunięcie skażenia terenu wokół niej. Ministerstwo poinformowało, że prace będą trwać jeszcze przez 40 lat i będą kosztować 12 bln jenów. Same pojemniki do przechowywania skażonej ziemi maja kosztować 1,6 bln jenów, a nie 500 mld jak wstępnie szacowano - informuje Reuters.